Proteinkodierende Gensequenzierung mit AccuGENX-ID® ProSeq

Gelegentlich gibt es Organismen, die zu sehr verwandt sind und einen hohen Konservierungsgrad in den ribosomalen RNA-Regionen aufweisen, sodass sie bei der 16S-Sequenzierung nicht voneinander getrennt werden können (unser „Arten*“-Konfidenzniveau, das darauf hinweist, dass es sich bei den unbekannten Übereinstimmungen um zwei oder mehr eng verwandte Arten handelt).

Webinar: Burkholderia cepacia-Komplex
in der Pharmaindustrie

Burkholderia cepacia, ein Organismus, der mit unseren Dienstleistungen auf Artenebene identifiziert werden kann Erfahren Sie mehr über bisherige Produktrückrufe aufgrund von Kontaminationen mit B. cepacia sowie über unsere Dienstleistungen zur Identifizierung von Organismen auf Artenebene.

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Der Dienst zur Identifizierung von Bakterien mit AccuGENX-ID® ProSeq ist eine stark selektive und äußerst genaue sequenzbasierte Methode, die zur Identifikation von sehr eng verwandten Mikroorganismen auf Artenebene eingesetzt werden kann. Ergebnisse werden durch die Analyse von proteinkodierenden Genen erzielt.

Wenn der AccuGENX-ID®-Bericht ein Arten*-Konfidenzniveau enthält (das angibt, dass sich das Identifizierungsergebnis auf die Gruppen- oder Komplexebene bezieht) und wenn wir das Zielgen bestimmt haben, das als Unterscheidungsmerkmal zwischen den verschiedenen Arten in dieser Organismengruppe dient, können Kunden unseren Identifizierungsdient mit ProSeq anfordern.

Zu den infrage kommenden Bakterienarten gehört unter anderem der Burkholderia cepacia-Komplex (BCC).

  • SPEZIFIKATIONEN

    Bestellcodes

    Bearbeitungszeit Prüfcode
    1 Tag PROSEQ-1
    5 Tage PROSEQ-5

Bakterien-Identifizierungsdienst AccuGENX-ID® BacSeq

Für zahlreiche Organismen ist die herkömmliche phänotypische Identifizierung problematisch, äußerst zeitaufwendig und die Auswertung der Ergebnisse der Bakterien-Identifizierung kann subjektiv ausfallen. Nicht alle Stämme innerhalb einer gegebenen Bakterienart weisen durchweg eine bestimmte Eigenschaft auf, was den Nutzen phänotypischer Identifizierungsmethoden einschränkt. Darüber hinaus sind die Bibliotheksdatenbanken zur Unterstützung der phänotypischen Identifizierung begrenzt.

Unser AccuGENX-ID® BacSeq-Dienst zur Identifizierung von Bakterien hält sich an die von Systematikern verwendete Referenzmethode, weil diese die genauesten und zuverlässigsten Sequenzdaten für die Identifizierung liefert. Wird dieser Prozess mit der umfassenden, validierten Accugenix®-Bibliothek kombiniert, erhält man eine phylogenetische Analyse ohnegleichen.

Leitfaden zum AccuGENX-ID®-Identifizierungsbericht

alt text goes here Laden Sie unseren Leitfaden für die Auswertung der von AccuGENX-ID® generierten Ergebnisse zur Bakterien-Identifizierung herunter

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Charles River AccuGENX-ID® BacSeq identifiziert Mikroorganismen durch vergleichende Sequenzierung des 16S-rRNA(ribosomale Ribonukleinsäure)-Gens in Bakterien. Die bakterielle DNA-Sequenz wird auf ihre Qualität hin bewertet, assembliert und mit der validierten Accugenix®-Bibliothek verglichen. Ein phylogenetischer Baum wird von ausgebildeten Datenanalytikern ausgewertet, damit eine bakterielle Charakterisierung und Identifizierung vorgenommen werden kann.

Unsere mikrobiellen Phylogenetiker verwenden bei der Auswertung der Berichte zur Bakterien-Identifizierung und der Zuweisung eines taxonomischen Konfidenzniveaus eine Kombination aus genetischer Variabilität, Verzweigungsreihenfolge des Neighbor-Joining-Baums und Kenntnissen der zwischenartlichen Variationen.

Mit der eigenentwickelten Methoden zur Bakterien-Identifizierung von Charles River werden Probensequenzen mit umfassenden, proprietären Bibliotheken verglichen, was eine schlüssige Datenauswertung und Identifizierung mit zugewiesenen Konfidenzniveaus basierend auf phylogenetischen Analysen ermöglicht.

Mit dieser wissenschaftlich nachgewiesenen Methode und unserer validierten, kontinuierlich gewarteten proprietären Bakterien-Bibliothek können Bakterien präzise identifiziert werden. Die Auslagerung der Bakterien-Identifizierungen an unsere cGMP-konformen, nach ISO 17025 akkreditierten Vertragslabore spart Zeit und Ressourcen zugunsten anderer wichtiger Qualitätskontrollaufgaben.

  • SPEZIFIKATIONEN

    Bestellcodes

    Bearbeitungszeit Prüfcode
    Am gleichen Tag BacSeq-0
    1 Tag BacSeq-1
    2 Tage BacSeq-2
    5 Tage BacSeq-5


Häufig gestellte Fragen (FAQ) zur Identifizierung von Bakterien

  • Welche Methoden werden zur Identifizierung von Bakterien eingesetzt?

    Die 16s-rRNA-Sequenzierung gilt als der Goldstandard für die Identifizierung von Bakterien. Die vergleichende Sequenzierung des 16S-rRNA(ribosomale Ribonukleinsäure)-Gens in Bakterien hat sich als die genaueste und am besten reproduzierbare Methode zur Identifizierung unbekannter Mikroorganismen erwiesen. Die Technologie ist grundsätzlich stabil und ergibt reproduzierbare Daten für die Identifizierung. Eine weitere geeignete Methode zur Identifizierung von Bakterien ist die MALDI-TOF-Massenspektrometrie (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight). Das Ergebnis dieses MALDI-TOF-Prüfverfahrens ist ein einzigartiger spektraler Protein-Fingerabdruck, der zu Identifizierungszwecken mit einer Bakterien-Datenbank verglichen werden kann. Eine Vielzahl phänotypischer Identifizierungsmethoden stehen ebenfalls für die Identifizierung von Bakterien zur Verfügung. Allerdings sind diese biochemischen und metabolischen Prüfungen von Natur aus subjektiv und bieten nicht genügend Unterscheidungsmerkmale, um genaue und reproduzierbaren Identifizierungsergebnisse zu liefern. Unser Dienst zur Identifizierung von Bakterien arbeitet mit 16s-rRNA-Sequenzierung sowie MALDI-TOF-Optionen, da dies die zuverlässigsten Methoden sind.

  • Warum ist eine genaue Identifizierung von Bakterien wichtig?

    Die genaue Identifizierung von Bakterien spielt für Umgebungsmonitoring-Programme in der Pharmaindustrie und anderen regulierten Produktherstellungsbranchen eine wichtige Rolle. Die Identifizierung unbekannter Isolate ist ein bedeutender erster Schritt, um das Ausmaß der Gefährdung zu verstehen, die Mikroorganismen für die Herstellungsumgebung, das Endprodukt und folglich für den Patienten darstellen. Dienste zur genauen Identifizierung von Bakterien, die Tracking- und Trending-Lösungen für Umgebungsmonitoring-Daten bereitstellen, helfen dabei, eine klare Grundansicht der mikrobiellen Flora in der Anlage aufrechtzuerhalten, sodass ungewöhnliche Aktivität frühzeitig erkannt wird und rechtzeitig Abhilfe geschaffen werden kann.

  • Was sind die kritischen Faktoren für die genaue Identifizierung von Bakterien?

    Die Referenzbibliothek für Organismen ist ein grundlegender Bestandteil des Bakterien-Identifizierungsprozesses. Ein bakterielles Isolat kann ohne einen passenden Arten-Eintrag in der Datenbank nicht akkurat identifiziert werden. Aus diesem Grund ist eine relevante und validierte Referenzbibliothek genauso wichtig wie die Technologie und Methode zur Identifizierung von Bakterien. Neben dem Vergleich mit Bibliothekseinträgen sind die Auswertung der Sequenz und die Berichterstellung ebenfalls unverzichtbare Bestandteile des Prozesses zur Bakterien-Identifizierung.

  • Welche mikrobiellen Proben müssen identifiziert werden?

    Isolate, die im Zuge von Umgebungsmonitoring-Tests, Keimbelastungstests oder Sterilitätsprüfungen entdeckt werden, sollten zur Identifizierung eingesandt werden.