Dienst zur Identifizierung von Pilzen: AccuGENX-ID® FunITS

Die Identifizierung von Pilzen, insbesondere von Fadenpilzen, ist seit jeher eine schwierige Aufgabe. Da viel Erfahrung und Zeitaufwand erforderlich sind, um Fadenpilze auf Artenebene genau zu identifizieren, ist es bislang üblich gewesen, diese Organismen entweder auf Gattungsebene oder, in einigen Fällen, einfach als „Schimmel“ zu identifizieren.

AccuGENX-ID® FunITS von Charles River identifiziert Pilzisolate durch vergleichende Sequenzierung der Internal-Transcribed-Spacer(ITS2)-Region bei Pilzen. Die ITS2-Region ist eine gemeinhin sequenzierte DNA-Region bei Pilzen, die von Pilz-Systematikern weithin als der „Goldstandard“ angesehen wird. Da die ITS-Region einen höheren Variationsgrad zwischen eng verwandten Arten aufweist als andere DNA-Regionen, wie z. B. D2, gilt ITS als die beste verfügbare Methode zur Identifizierung von Pilzarten.

Leitfaden zum AccuGENX-ID®-
Identifizierungsbericht

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Dieser zur Pilz-Identifizierung verwendete genetische Ansatz bietet eine zuverlässigere und schnellere Methode für die Identifizierung mikrobieller Arten als jede andere Identifizierungsprüfung für Pilze. Diese wissenschaftlich nachgewiesene Methode, kombiniert mit einer validierten, fortlaufend gepflegten proprietären Bibliothek für Pilze, ermöglicht eine genauere Identifizierung von Pilzen. Die Auslagerung der Pilz-Identifizierung an unsere cGMP-konformen, nach ISO 17025 akkreditierten Vertragslaboratorien spart Zeit und Ressourcen, die wir für andere wichtige Qualitätskontrollaufgaben einsetzen können.

Genotypische Analyse zur Pilz-Identifizierung

Der Dienst zur Identifizierung von Pilzen AccuGENX-ID® FunITS setzt einen genotypischen Analyseprozess ein, der sich an die von Systematikern verwendete Referenzmethode hält, weil sie die genauesten und zuverlässigsten Sequenzdaten für die Identifizierung liefert. Nachdem ein Dienst zur Identifizierung von Pilzen beantragt wurde und die Probe in unserem Labor eingegangen ist, bereitet unser Team diese Probe mithilfe eines genetischen Analysators auf. Die Pilz-DNA-Sequenz wird auf ihre Qualität hin bewertet, assembliert und mit der validierten Accugenix®-Bibliothek verglichen.

Webinar: Mikrobielle Identifizierung
Verwendung eines phylogenetischen Ansatzes

Mikrobielle Sequenzierung zur Kontextualisierung der Pilz-IdentifizierungBerücksichtigen Sie in Ihren Berichten zur Identifizierung durch Sequenzierung neben der besten Übereinstimmung von Organismen auch weitere Faktoren? Wenn nicht, entgeht Ihnen möglicherweise wertvoller Kontext für das Ergebnis.
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Ein phylogenetischer Baum wird von ausgebildeten Datenanalytikern ausgewertet, um die Charakterisierung und Identifizierung von Pilzen vorzunehmen. Die genotypische Analyse ergibt, zusammen mit einer umfassenden, validierten Bibliothek, eine beispiellose phylogenetische Pilzanalyse.

Unsere mikrobiellen Phylogenetiker verwenden bei der Auswertung der Berichte zur Bakterien-Identifizierung und der Zuweisung eines taxonomischen Konfidenzniveaus eine Kombination aus genetischer Variabilität, Verzweigungsreihenfolge des Neighbor-Joining-Baums und Kenntnissen der zwischenartlichen Variationen.

Die unternehmensinternen Methoden zur Pilz-Identifizierung von Charles River vergleichen Probensequenzen mit umfassenden proprietären Bibliotheken, was eine endgültige Auswertung der Daten sowie Identifizierungen mit zugewiesenen Konfidenzniveaus basierend auf phylogenetischen Analysen ermöglicht.


Spezifikationen

  • Auftragscodes
    Bearbeitungszeit Prüfcode
    Am gleichen Tag FunITS-0
    1 Tag FunITS-1
    2 Tage FunITS-2
    5 Tage FunITS-5

Häufig gestellte Fragen (FAQ): Dienste zur Identifizierung von Pilzen

  • Welche Methoden werden zur Identifizierung von Pilzen eingesetzt?

    Die vergleichende DNA-Sequenzierung von ITS- und D2-rRNA-Regionen sind die zwei Hauptoptionen für die Identifizierung von Pilzisolaten. Der Accugenix®-Dienst zur Identifizierung von Pilzen verwendet die ITS2-Region, die sich als die am weitesten verbreitete DNA-Sequenz für Pilze erwiesen hat. ITS2 weist mehr Variabilität als die DNA-Sequenz des D2-Expansionssgements auf und bietet daher größere Spezifität. Das Ergebnis ist eine viel höhere Auflösung bei der Identifizierung von Arten als mit D2. ITS2 wird vom International Barcode of Life Consortium für die Identifizierung von Pilzarten via DNA-Sequenzsignaturen anerkannt.

  • Warum ist eine genaue Identifizierung von Pilzen wichtig?

    Die genaue Identifizierung von Pilzen spielt für Umgebungsmonitoring-Programme in der Pharmaindustrie und anderen regulierten Produktherstellungsbranchen eine wichtige Rolle. Die Identifizierung unbekannter Isolate ist ein bedeutender erster Schritt, um das Ausmaß der Gefährdung zu verstehen, die Mikroorganismen für die Herstellungsumgebung, das Endprodukt und folglich für den Patienten darstellen. Dienste zur genauen Identifizierung von Pilzen, die Tracking- und Trending-Lösungen für Umgebungsmonitoring-Daten bereitstellen, helfen dabei, eine klare, grundlegende Ansicht der mikrobiellen Flora in der Anlage aufrechtzuerhalten, sodass ungewöhnliche Aktivität frühzeitig erkannt wird und rechtzeitig Abhilfe geschaffen werden kann.

  • Was sind die kritischen Faktoren für die genaue Identifizierung von Pilzen?

    Die Referenzbibliothek für Organismen ist ein grundlegender Bestandteil des Pilz-Identifizierungsprozesses. Ein Pilzisolat kann ohne einen passenden Arten-Eintrag in der Datenbank nicht akkurat identifiziert werden. Aus diesem Grund ist eine relevante und validierte Referenzbibliothek genauso wichtig wie die Technologie und Methoden zur Identifizierung von Pilzen. Neben dem Vergleich mit Bibliothekseinträgen sind die Auswertung der Sequenz und die Berichterstellung ebenfalls wichtige Bestandteile des Pilz-Identifizierungsprozesses.