单基因或多基因座序列分型

AccuGENX-ST® 是一种微生物表征过程,利用基于单基因和多基因座序列分型(S / MLST)的成熟、高准确度测序方法将密切相关的微生物在菌株层面加以区分。我们对微生物鉴定标准区域之外的标靶(16S、D2 或 ITS2)进行 DNA 测序,为您提供分辨菌株水平差异和/或相似性的数据。通过确定菌株水平,您可以明确地跟踪污染源,或者只是验证已知的生产菌株。

鉴于这些方法的可重复性已经提高,可以帮助确定您的益生菌菌株是否相同,或者从一个区域回收的分离物是否与另一种分离物相同,这一重要特征可以实现高分辨率,同时对趋势和跟踪项目的可信度比利用基于片段的分析方法更高。


Accugenix%20Vials.JPGAccuGENX-ST® 验证方法列表


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为什么使用 Accugenix®外包测序分型服务

  • 该基础以 DNA 测序结果为基础。
  • SLST/MLST 数据是在全局范围内跟踪和记录细菌遗传关系的主要资源。
  • 结果很容易编目并作为将来比较的参考。
  • 这些技术具有高度可重复性、明确性和可扩展性。

特定物种

为了提高分辨率,我们的研发团队研究了每个物种,确定鉴定应用区域之外的基因靶标,这些靶标可以实现亚种或菌株水平的最高分辨度。考虑到每个群组的相关性和进化速度,每个物种的这些基因座的数量和标识各不相同。

跟踪污染源

如果发生灭菌失败,客户可以向我们发送样品,我们可以协助确定根本原因。我们将首先通过 16S rDNA 测序鉴定分离物。如果 16S 序列不同,您可以确定分离物是不同的菌株。对于具有相同 16S 序列并且可以使用 SLST 或 MLST 完成的分离物,需要进一步表征。该技术旨在提供信息量最大的数据,并能从物种内的所有菌株中获得明确的结果。

我们基于序列的菌株分型可以帮助您绘制微生物环境。我们可以根据在制造环境中发现的微生物创建序列库数据库。遇到污染物时,您可以快速找到您之前发现该特定菌株的位置。这大大减少了确定污染源的时间和成本。

基于序列的菌株分型方法

使用 rRNA 区域进行微生物鉴定是一项可靠的技术。然而,有时需要额外的信息,并且必须能够区分物种层面以下的生物。通过测序、分析和比较生物体基因组中高度可变的基因座(区域),可以提高菌株水平的区分度。MLST 和 SLST 分析核心蛋白质编码基因或管家基因,这些基因对细菌正常细胞功能所必需的蛋白质进行编码,所有这些在其序列中包含更多的可变性。

从样品中提取可能存活或不存活的 DNA 后,该过程的第一步是获得物种水平的准确鉴定。这必须在开始 MLST 或 SLST 之前进行,以确定合适的靶标和引物组,因为对于每个被表征的物种,靶基因不相同。使用基因特异性引物对靶基因进行 PCR 扩增,并进行比较 DNA 序列分析。将来自每个基因靶的所有序列调整并与其他生物的序列数据进行比较,然后计算生物之间的趋异或保持水平,并用系统发育树显示。我们将为您解释数据,并说明特定基因靶标的测序是否无法区分分离物,或者分离物是否是不同的序列类型。

  • 产品规格

    订单代码

    周转时间 (TAT) 检测代码
    5 天 AccuGENX-ST-5
    5 天 AccuGENX-XGST-5

AccuGENX-ST® Report Guide

Use this guide for interpreting S/MLST results generated by AccuGENX-ST®.