AccuGENX-ST® (SLST/MLST)

与使用 16S 和 ITS2 基因鉴定细菌和真菌的 AccuGENX-ID® 方法一样,AccuGENX-ST® 序列分型采用标准分子生物学方法进行 DNA 提取,PCR 扩增和蛋白质编码靶基因的 DNA 测序,以表征分离物的菌株水平。将得到的 DNA 序列或序列类型与数据库中的其他序列或序列类型进行比较,并在进化树树中显示关系。Charles River 将根据要求对任何样品或样品组进行比较,并且您无需支付额外费用。

跟踪污染源

如果发生灭菌失败,客户可以向我们发送样品,我们可以协助确定根本原因。我们将首先通过 16S rDNA 测序鉴定分离物。如果 16S 序列不同,您可以确定分离物是不同的菌株。对于具有相同 16S 序列并且可以使用 SLST 或 MLST 完成的分离物,需要进一步表征。该技术旨在提供信息量最大的数据,并能从物种内的所有菌株中获得明确的结果。

我们基于序列的菌株分型可以帮助您绘制微生物环境。我们可以根据在生产环境中发现的微生物创建序列库数据库。遇到污染物时,您可以快速找到您之前发现该特定菌株的位置。这大大减少了确定污染源的时间和成本。

基于序列的菌株分型的方法

使用 rRNA 区域进行微生物鉴定是一项可靠的技术。然而,有时需要额外的信息,并且必须能够区分物种层面以下的生物。通过测序、分析和比较生物体基因组中高度可变的基因座(区域),可以提高菌株水平的区分度。MLST 和 SLST 分析核心蛋白质编码基因或管家基因,这些基因对细菌正常细胞功能所必需的蛋白质进行编码,所有这些在其序列中包含更多的可变性。

从样品中提取可能存活或不存活的 DNA 后,该过程的第一步是获得物种水平的准确鉴定。这必须在开始 MLST 或 SLST 之前进行,以确定合适的靶标和引物组,因为对于每个被表征的物种,靶基因不相同。使用基因特异性引物对靶基因进行 PCR 扩增,并进行比较 DNA 序列分析。将来自每个基因靶的所有序列调整并与其他生物的序列数据进行比较,然后计算生物之间的趋异或保持水平,并用系统发育树显示。我们将为您解释数据,并说明特定基因靶标的测序是否无法区分分离物,或者分离物是否是不同的序列类型。